Tahun 1951 merupakan tahun dimana masih belum begitu banyak sekolah yang memiliki ciri khas dalam pengajarannya, mengingat pada masa itu Republik Indonesia masih dalam masa konsolidasi. Hal ini agaknya mengetuk hati tiga orang tokoh Kristen di Semarang untuk dapat mendirikan sebuah yayasan yang mengelola sekolah-sekolah dasar dan sekolah-sekolah menengah dengan berdasar dan berciri khas ajaran Kristen.

Liem Hwaij Gie (Yahya Hadinoto), Yap Hwat Ling dan Gan Hok Gwan (Yahya S. Gani) membentuk suatu panitia yang diberi nama “Panitia Penyelenggara Pendirian Yayasan Sekolah Kristen Tionghoa” yang tujuannya adalah merealisasikan pendirian Yayasan Sekolah Kristen Tionghoa.

Setelah rapat dan diskusi yang cukup panjang, pada tanggal 15 November 1951 didirikanlah sebuah yayasan dengan nama Yayasan Sekolah Kristen Tionghoa Semarang yang dikukuhkan di hadapan notaris Tan A Sioe dengan akte notaris no. 53 tertanggal 15 November 1951.

Pada saat itulah dibentuk kepengurusan yang pertama untuk periode 1951 – 1954 yang terdiri dari :

Dengan terbentuknya susunan pengurus tersebut, maka mulailah yayasan melangkahkan kaki dan menggerakkan tangan untuk bekerja. Sebagai langkah awal, yayasan menjalin kerjasama dengan Vereniging School met de Bijbel yang pada masa itu telah mengelola sekolah-sekolah Kristen di Semarang dan sekitarnya. Pada masa itu pengurus Verenigning School met den Bijbel adalah Mr. K.M Fernhout, Y.C v.d. Waals, Liem Wie Tjhoen dan Ds. Y.M Vlijm.

Sekolah-sekolah yang berhasil didirikan dan dikelola oleh Yayasan Sekolah Kristen Tionghoa adalah :

1. SD Kristen 1 (dahulu bernama Sekolah Rakyat Masehi Jomblang) berlokasi di Jl. Mataram 719 Semarang

2. SD Kristen 2 (dahulu bernama Sekolah Rakyat Kristen Tionghoa) berlokasi di Jl. Dr. Cipto 109 Semarang

3. SMP Masehi 2 berlokasi di Jl. Sidodadi Timur 23 Semarang.

Pada masa kepengurusan yayasan periode 1954 -1965 tercata peristiwa yang penting, yakni pada tanggal 28 Mei 1959 terjadi perubahan nama yayasan dari Yayasan Sekolah Kristen Tionghoa menjadi Yayasan Sekolah Kristen Indonesia dengan akte notaris Tan A Sioe no. 90 tertanggal 28 Mei 1959.

Dengan pertolongan Tuhan, YSKI terus berkembang hingga saat ini sampai memiliki 5 unit sekolah :