Tahun 1951 merupakan tahun dimana masih belum begitu banyak sekolah yang memiliki ciri khas dalam pengajarannya, mengingat pada masa itu Republik Indonesia masih dalam masa konsolidasi. Hal ini agaknya mengetuk hati tiga orang tokoh Kristen di Semarang untuk dapat mendirikan sebuah yayasan yang mengelola sekolah-sekolah dasar dan sekolah-sekolah menengah dengan berdasar dan berciri khas ajaran Kristen.

Liem Hwaij Gie (Yahya Hadinoto), Yap Hwat Ling dan Gan Hok Gwan (Yahya S. Gani) membentuk suatu panitia yang diberi nama “Panitia Penyelenggara Pendirian Yayasan Sekolah Kristen Tionghoa” yang tujuannya adalah merealisasikan pendirian Yayasan Sekolah Kristen Tionghoa.

Setelah rapat dan diskusi yang cukup panjang, pada tanggal 15 November 1951 didirikanlah sebuah yayasan dengan nama Yayasan Sekolah Kristen Tionghoa Semarang yang dikukuhkan di hadapan notaris Tan A Sioe dengan akte notaris no. 53 tertanggal 15 November 1951.

Pada saat itulah dibentuk kepengurusan yang pertama untuk periode 1951 – 1954 yang terdiri dari :

Dengan terbentuknya susunan pengurus tersebut, maka mulailah yayasan melangkahkan kaki dan menggerakkan tangan untuk bekerja. Sebagai langkah awal, yayasan menjalin kerjasama dengan Vereniging School met de Bijbel yang pada masa itu telah mengelola sekolah-sekolah Kristen di Semarang dan sekitarnya. Pada masa itu pengurus Verenigning School met den Bijbel adalah Mr. K.M Fernhout, Y.C v.d. Waals, Liem Wie Tjhoen dan Ds. Y.M Vlijm.

Sekolah-sekolah yang berhasil didirikan dan dikelola oleh Yayasan Sekolah Kristen Tionghoa adalah :

1. SD Kristen 1 (dahulu bernama Sekolah Rakyat Masehi Jomblang) berlokasi di Jl. Mataram 719 Semarang

2. SD Kristen 2 (dahulu bernama Sekolah Rakyat Kristen Tionghoa) berlokasi di Jl. Dr. Cipto 109 Semarang

3. SMP Masehi 2 berlokasi di Jl. Sidodadi Timur 23 Semarang.

Pada masa kepengurusan yayasan periode 1954 -1965 tercata peristiwa yang penting, yakni pada tanggal 28 Mei 1959 terjadi perubahan nama yayasan dari Yayasan Sekolah Kristen Tionghoa menjadi Yayasan Sekolah Kristen Indonesia dengan akte notaris Tan A Sioe no. 90 tertanggal 28 Mei 1959.

Dengan pertolongan Tuhan, YSKI terus berkembang hingga saat ini sampai memiliki 5 unit sekolah :

A. ARTI BENTUK

1. Bentuk luar : Bulat (lingkaran) menunjukkan kebulatan YSKI untuk membantu pemerintah dan masyarakat, dalam bidang pendidikan dan pelayanan.
2. Wadah (tempat). Terdiri dari 3 bagian yang menyatu menggambarkan 3 gereja pendiri (Gereja Kristen Indonesia-Gereja Isa Almasih-Gereja Gereformeerd)
3. Buku sebagai lambang ilmu pengetahuan (mencerdaskan kehidupan bangsa)
4. Bangunan Joglo menunjukkan identitas Jawa Tengah
5. Penyangga Joglo (5 bagian) menunjukan Pancasila
6. Obor (Pelita) mempunyai lidah api 7 buah yang melambangkan awalnya YSKI mempunyai 7 unit sekolah
7. Salib sebagai identitas Kristen
8. Styleren Burung Merpati, dengan sayap melingkar yang menggambarkan kasih suci yang tidak ada habisnya, tak berpangkal tak berakhir, yang menaungi segala kegiatan YSKI

B. ARTI WARNA

1. Putih : Suci
2. Biru : Kesetiaan / keabadian
3. Kuning : Siap / Sedia
4. Merah : Semangat

C. KESIMPULAN ARTI LAMBANG

Kebulatan YSKI untuk melaksanakan Misi Kristus / Pendidikan Nasional, yang berdasar pada persekutuan-kesakian & pelayanan.

Visi :

Menjadi Lembaga pendidikan Kristen terbaik untuk membentuk manusia yang memiliki tinggi : iman, ilmu dan moral

Pendidikan yang diberikan di sekolah merupakan salah satu sarana penting dalam pembentukan dan pembangunan karakter seseorang. Menyadari akan pentingnya peran sekolah terhadap karakter seseorang maka setiap lembaga pendidikan berkeinginan out put lembaganya memiliki karakter sesuai dengan tujuan pendidikan lembaga tersebut. Tak terkecuali Yayasan Sekolah Kristen Indonesia (YSKI). Melalui visi dan misinya, YSKI bertujuan untuk menjadikan lulusannya memiliki tinggi iman, ilmu dan moral. Visi misi YSKI telah menjadi ketetapan sekaligus norma yang digunakan sebagai acuan pelaksanaan pendidikan di YSKI. Begitu juga pembentukan karakter senantiasa mengacu pada visi terutama pada tataran moral. YSKI meyakini bahwa moralitas tertinggi adalah jika manusia memiliki karakteristik kristiani yang menunjukkan perilaku sesuai dengan buah Roh yaitu perilaku yang didasarkan pada sikap-sikap luhur seperti penuh kasih, senantiasa bersuka cita, dari dalam memancarkan damai sejahtera,  dirinya diliputi kesabaran, ada kemurahan, kebaikan, kesetiaan, kelemahlembutan, dan penguasaan diri. Sikap-sikap luhur yang termuat dalam Galatia 5:22-23 tersebut menjadi landasan kuat pelaksanaan pendidikan karakter di lingkungan YSKI.

Saat ini dunia pendidikan menghadapi berbagai tantangan yaitu adanya pergeseran paradigma pendidikan, penyiapan kompetensi  sumber daya manusia di Abad-21,  program studi teknologi pendidikan/pembelajaran, pengembangan Kurikulum 2013, dan implementasi Kurikulum 2013.

Pendidikan karakter di YSKI dikembangkan dengan cara penanaman nilai-nilai atau value. Penanaman nilai/value ini berlaku untuk setiap individu yang terlibat dalam proses pendidikan yang diselenggarakan di YSKI. Menurut Kluckhohn dalam Mulyana (2013) nilai/value adalah konsepsi (tersurat atau tersirat, yang sifatnya membedakan individu atau ciri-ciri kelompok) dari apa yang diinginkan, yang memengaruhi tindakan pilihan terhadap cara, tujuan antar dan tujuan akhir.

Value YSKI adalah konsep penguatan pendidikan karakter bagi siswa, tenaga pendidik dan kependidikan serta orang-orang yang terlibat di dalam penyelenggaraan pendidikan di lingkungan YSKI yang mencirikan pendidikan YSKI sebagai upaya mewujudkan visi sekaligus sebagai instrumen  bagi pelaksanaan misi YSKI. Value YSKI dibuat menggunakan pendekatan scientific yang dimulai dari pengamatan perilaku baik pengamatan perilaku siswa YSKI dari PG hingga SMA maupun perilaku anak sebaya di luar YSKI sebagai pembanding. Dari pengamatan didapatkan hasil bahwa perilaku siswa YSKI terkendali, wajar, dan memenuhi syarat dari segi kepantasan sebagai anak maupun siswa. Namun demikian ada sikap yang perlu dikembangkan agar mereka menjadi manusia yang benar-benar siap menghadapi kehidupan nyata di masyarakat yang salah satunya adalah perlunya memiliki kemampuan menghadapi persaingan dengan tetap mempertahankan jatidiri sebagai anak Tuhan. Dari pengamatan kemudian dicarikan treatment apa yang paling cocok untuk pendidikan karakter YSKI. Berbagai konsep dan pikiran dari tim dijadikan informasi awal untk merumuskan konsep baru  perihal pendidikan karakter YSKI yang khas hingga muncullah konsep SPECIAL yang menyederhanakan tagline YSKI sebelumnya yaitu Special School Makes Special People.

Value YSKI menyasar kepada aspek spiritual Kristen (Spiritual), semangat/gairah berprestasi (Passionate), antusias dalam mengejar cita-cita (Enthusiastic), mau berbagi dengan sesama (Caring), jujur dan berkarakter kuat (Integrity), kemampuan beradaptasi (Adaptive), dan kepemimpinan (Leader). Sasaran sikap itu kemudian disumuskan dalam bentuk kata-kata dengan akronim  SPECIAL. Setiap aspek memiliki empat indikator utama. Dari empat indikator utama dikembangkan lagi menjadi bebeberapa subindikator berupa kalimat operasional. Indikator dan subindikator berupa kalimat operasional tersebut disusun untuk mempermudah pelaksanaan pengembangan karakter melalui kegiatan pembelajaran baik di dalam maupun di luar kelas. Pelaksanaan pembangunan karakter melalui Value YSKI dilakukan dengan pendekatan pembiasaan di lingkungan sekolah dan di rumah. Di sekolah, pembiasaan dilakukan dalam pembelajaran tidak langsung yaitu guru melakukan pembiasaan-pembiasaan perilaku dan pikir untuk setiap siswa pada saat pembelajaran berlangsung. Pembiasaan ini bisa berupa cara menyampaikan pesan, cara menanggapai atau memberikan respon atas pesan yang diterima, cara menjaga kenyamanan dan kedamaian, cara menumbuhkan motivasi internal dan menjadikan pengalaman sebagai motivasi eksternal. Membiasakan diri untuk menjadi orang yang memiliki kepedulian, kejujuran, dan mampu menyesuaikan diri dengan situasi dan keadaan apapun serta memiliki jiwa kepemimpinan juga menjadi bagian pembiasaan yang pada akhirnya akan membentuk karakter siswa sehingga siswa menjadi anak SPECIAL yang berkepribadian.